Aflatoksin kontaminasyonu, başta kurutulmuş meyve ve fındık gibi gıdalarda olmak üzere, mısır, pirinç, buğday, pamuk tohumları ve baharatlar gibi tarım ürünlerinde sıkça görülür.
Ayrıca, hayvan yemiyle aflatoksin alan hayvanların süt, et ve yumurta gibi hayvansal gıdalarda da aflatoksin bulunabilir.

Gıdaların doğru depolama koşullarında saklanmaması, aflatoksin üretimini teşvik edebilir. Ayrıca, kurutma ve işleme yöntemleri, aflatoksinlerin kontaminasyon seviyelerini azaltabilir veya artırabilir.